仮想のHDDが一時的なアップデートとかで大きくなったけど、
その後はそこまで容量使わないので小さくしておきたい。
で、以下の方法でいけるみたい。
最初に一旦全てのスナップショットを消去。
統合でも可。
そして仮想マシンを起動し、空き領域をゼロで埋める。
複数のドライブ・パーティションがあるなら各々に行う。
・WindowsのゲストOS
デフラグを行ってその後にdkclearを使って0で埋める。
・LinuxのゲストOS
terminalで、
$ dd if=/dev/zero of=zero bs=1M; \rm zero
終わったらシャットダウン。以降はコマンドプロンプトやTerminalで作業。
Windowsでの作業（ホスト）
コマンドプロンプトで、
"C:\Program Files\Oracle\VirtualBox\VBoxManage.exe" modifyvdi HARDDISK.vdi compact
と入力し、実行。
Linuxでの作業（ホスト）
Terminalで、
$ VBoxManage modifyvdi HARDDISK.vdi compact
もしくは、
$ vditool SHRINK HARDDISK.vdi
と入力し、実行。
試しにやったWindows2000Proの仮想ディスク（12GB設定、現在容量3.06GB、実際利用容量1GB）が、
998MBになりました。
ディスクをもう更新しない（常に更新破棄）であれば小さくしておいた方が便利かもしれません。